Konversi FA menjadi SCF

Memahami Format File FA dan SCF

FA (FASTA) files digunakan secara luas dalam bioinformatika untuk menyimpan urutan nucleotide atau protein. Setiap urutan dalam file FASTA dimulai dengan deskripsi satu baris, diikuti oleh baris-baris data urutan. SCF (Standard Chromatogram Format), di sisi lain, digunakan untuk menyimpan data jejak sequencing DNA, termasuk panggilan basa dan informasi kualitas, biasanya dihasilkan oleh sequencer otomatis.

Kenapa mengonversi FA ke SCF?

Mengonversi file FA ke format SCF bukanlah operasi yang umum, karena file FA hanya berisi data urutan, sedangkan file SCF memerlukan data jejak chromatogram. Namun, dalam beberapa kasus, peneliti mungkin perlu mensimulasikan file chromatogram dari urutan yang diketahui untuk pengujian atau keperluan edukasi.

Cara mengonversi FA ke SCF

Konversi langsung dari FA ke SCF tidaklah sederhana karena file FA tidak memiliki data jejak yang dibutuhkan oleh SCF. Untuk melakukan konversi ini, Anda membutuhkan perangkat lunak khusus yang dapat menghasilkan data chromatogram simulasi dari sebuah urutan.

Perangkat lunak yang direkomendasikan untuk konversi FA ke SCF

• Seq-Gen: Alat ini dapat mensimulasikan evolusi urutan DNA dan menghasilkan data jejak, yang kemudian dapat dikonversi ke SCF menggunakan alat tambahan.
• Phred/Phrap/Consed: Alat-alat ini umum digunakan dalam proyek sequencing dan dapat membantu menghasilkan file SCF dari data urutan, meskipun biasanya memerlukan langkah dan file input tambahan.
• EMBOSS Seqret: Walaupun terutama digunakan untuk konversi format, perangkat ini tidak menghasilkan data jejak, sehingga tidak bisa langsung mengonversi FA ke SCF.

Untuk sebagian besar pengguna, pendekatan terbaik adalah menggunakan Seq-Gen untuk mensimulasikan data jejak dari urutan FASTA, kemudian menggunakan alat seperti phred untuk menghasilkan file SCF. Proses ini mungkin melibatkan operasi baris perintah dan scripting.

Proses konversi langkah demi langkah

1. Siapkan file FASTA dengan urutan yang diinginkan.
2. Gunakan Seq-Gen untuk mensimulasikan evolusi urutan dan menghasilkan data jejak.
3. Proses data simulasi dengan phred untuk membuat file SCF.
4. Buka file SCF yang dihasilkan dalam viewer chromatogram untuk memverifikasi konversi.

Ringkasan

Mengonversi FA ke SCF membutuhkan simulasi data chromatogram, karena file FA tidak mengandung informasi jejak yang diperlukan. Seq-Gen dan phred adalah alat yang direkomendasikan untuk proses ini, meskipun mungkin memerlukan pengetahuan bioinformatika tingkat lanjutan.