Konversi NCB menjadi NDB

Memahami format file ncb dan ndb

NCB files adalah NCBI BLAST database files yang digunakan oleh suite BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) dari National Center for Biotechnology Information. File ini menyimpan basis data urutan nukleotida atau protein dalam format biner yang dioptimalkan untuk pencarian dan penyelarasan yang cepat.

NDB files, di sisi lain, adalah Nucleic Acid Database files, yang menyimpan data struktur tiga dimensi dari asam nukleat. Format NDB digunakan terutama untuk mengarsipkan dan berbagi informasi struktural tentang molekul DNA dan RNA.

Bisakah Anda mengubah ncb ke ndb?

Konversi langsung dari NCB ke NDB umumnya tidak memungkinkan karena format ini memiliki tujuan yang berbeda secara mendasar: file NCB berisi data urutan untuk pencarian, sementara file NDB berisi data struktural 3D. Tidak ada alat otomatis yang dapat langsung mengonversi basis data BLAST NCB menjadi file struktur NDB.

Pendekatan alternatif

Jika Anda perlu mendapatkan file NDB untuk sebuah urutan dalam basis data NCB, Anda harus:

1. Ekstrak urutan dari basis data NCB menggunakan BLAST atau blastdbcmd.
2. Cari struktur 3D yang sesuai di Nucleic Acid Database (NDB) atau Protein Data Bank (PDB).
3. Unduh file NDB jika tersedia.

Proses ini manual dan bergantung pada apakah sebuah struktur tersedia untuk urutan yang Anda minati.

Perangkat lunak dan alat yang direkomendasikan

• NCBI BLAST+ Suite: Gunakan blastdbcmd untuk mengekstrak urutan dari file NCB.
• NDB/PDB Portals Web: Cari dan unduh file NDB untuk struktur yang diketahui.

Tidak ada konverter langsung antara format NCB dan NDB karena tipe data dan tujuan yang berbeda.

Ringkasan

Meskipun kedua file NCB dan NDB penting dalam bioinformatika, keduanya tidak dapat dipertukarkan. Untuk beralih dari data urutan (NCB) ke data struktural (NDB), Anda harus mengekstrak urutan tersebut dan mencari struktur terkait di basis data publik. Saat ini tidak ada perangkat lunak yang mengotomatisasi konversi ini.