Konverter online gratis PDB ke TXT

Program, editor, atau alur kerja pengarsipan mungkin memerlukan file .txt yang dapat dibaca, bukan file .pdb. Metode konversi yang tepat bergantung pada apakah PDB berisi molecular records, Palm OS database records, atau e-book.

Apa itu format PDB

.pdb adalah ekstensi ambigu yang digunakan oleh beberapa format yang tidak saling berkaitan:

• Protein Data Bank files adalah file teks yang berisi koordinat atom, residu, model, dan molecular records lainnya. Peneliti, molecular visualization applications, chemistry programs, dan molecular-dynamics software menggunakannya.
• Palm Database files berisi records dan metadata untuk aplikasi Palm OS. File ini biasanya bersifat biner dan dapat menggunakan struktur atau kompresi khusus aplikasi.
• PalmDOC, zTXT, dan varian e-book PDB lainnya menyimpan konten buku dalam format yang dirancang untuk Palm reader lama. Struktur internalnya berbeda dari scientific PDB files maupun Palm databases biasa.

Identifikasi sumbernya sebelum melakukan konversi. Mengganti nama file.pdb menjadi file.txt hanya mengubah ekstensi; tindakan tersebut tidak mendekode binary records, mengekstrak konten terkompresi, atau memperbaiki character encoding.

Apa itu format TXT

.txt adalah format plain-text tanpa container yang menyimpan karakter dan line break tanpa formatting khusus aplikasi. Format ini dapat dibuka di Notepad, code editors, scripts, spreadsheet programs, dan version-control tools.

TXT dapat berisi teks asli dari molecular PDB file, teks e-book yang diekstrak, atau tabel records yang baru dibuat. Format ini secara bawaan tidak mempertahankan molecular bonds, fixed database indexes, images, hyperlinks, bookmarks, compression, metadata, atau document formatting. Ekspor sebagai UTF-8 jika sumber berisi karakter non-ASCII, tetapi gunakan informasi encoding dari aplikasi sumber saat mengonversi legacy Palm data.

Cara mengonversi scientific PDB file

Sebagian besar Protein Data Bank files sudah berupa plain text. Jika Anda memerlukan salinan teks yang identik, duplikasikan file tersebut dan ubah ekstensinya:

cp structure.pdb structure.txt

Di Windows Command Prompt, gunakan:

copy structure.pdb structure.txt

Tindakan ini mempertahankan byte asli, tetapi secara teknis merupakan penyalinan file, bukan structural export. Anda juga dapat membuka file di code editor dan menggunakan File → Save As; hindari word processors karena pengaturan ulang baris dapat merusak fixed-width columns yang digunakan oleh PDB records.

Untuk reformatted export:

1. Buka file di PyMOL, UCSF ChimeraX, VMD, atau molecular application lainnya.
2. Pilih perintah File → Export atau Save As dari program tersebut.
3. Pilih text-based PDB export jika tujuan mengharapkan standard PDB records, atau ekspor atom table dengan delimiter jika tujuan mengharapkan kolom.
4. Simpan sebagai .txt dan periksa apakah atom names, residue names, coordinates, dan model records tetap utuh.

Tabel juga dapat dibuat dengan Biopython, tetapi hasilnya bukan salinan PDB yang identik:

from Bio.PDB import PDBParser

structure = PDBParser(QUIET=True).get_structure("model", "structure.pdb")
with open("atoms.txt", "w", encoding="utf-8") as output:
    for atom in structure.get_atoms():
        residue = atom.get_parent()
        x, y, z = atom.get_coord()
        output.write(f"{residue.get_resname()}\t{atom.get_name()}\t{x:.3f}\t{y:.3f}\t{z:.3f}\n")

Instal dependency dengan pip install biopython. File yang dihasilkan dengan pemisah tab ini berisi data atom yang dipilih dan menghilangkan PDB records lainnya, kecuali jika script menuliskannya secara eksplisit.

Cara mengonversi Palm atau e-book PDB file

Untuk PalmDOC dan e-book files yang kompatibel, gunakan aplikasi yang mendukung subtype tertentu. Calibre dapat mengimpor banyak legacy Palm e-book files: tambahkan buku, pilih Convert books, pilih TXT sebagai output format, lalu periksa hasilnya untuk mencari chapter yang hilang, page break, dan character errors. Dukungan tidak bersifat universal karena PDB hanyalah nama container family, bukan satu spesifikasi e-book.

Untuk Palm application database, ekspor dari Palm application asli atau synchronization utility yang kompatibel. Gunakan Export, Save As, atau format dengan delimiter seperti CSV jika tersedia, lalu simpan exported text sebagai .txt. Text editor atau generic file-copy command biasanya tidak dapat mendekode binary database records.

Anda juga dapat mengonversi PDB file yang didukung di 101convert.com secara gratis tanpa menginstal software. Pastikan subtype PDB yang terdeteksi sebelum konversi dan hindari mengunggah records rahasia, data pribadi, atau penelitian yang belum dipublikasikan.

Batasan kualitas dan kompatibilitas

Scientific PDB files menggunakan posisi kolom yang telah ditentukan, sehingga line wrapping, perubahan whitespace otomatis, atau pengeditan dengan spreadsheet dapat merusak koordinat dan alignment records. Simpan file .pdb asli dan perlakukan TXT file sebagai working copy.

Konversi Palm dan e-book dapat menghapus compression, images, hyperlinks, bookmarks, record IDs, database metadata, dan proprietary fields. Replacement characters seperti � menunjukkan masalah encoding; mengekspor ulang dengan UTF-8 hanya membantu jika source application mendekode byte asli dengan benar. Mengubah ekstensi tidak dapat memulihkan teks yang sebelumnya telah salah didekode.