Konversi SAM menjadi ASCII

Pemahaman Format File SAM dan ASCII

SAM (Sequence Alignment/Map) adalah format berbasis teks yang digunakan dalam bioinformatika untuk menyimpan penyelarasan urutan nukleotida yang besar. Format ini secara luas digunakan untuk mewakili urutan yang di-align dari eksperimen sequencing berkecepatan tinggi. File SAM dapat dibaca manusia dan berisi bagian header serta bagian alignment, dengan bidang yang dipisahkan oleh tab.

ASCII (American Standard Code for Information Interchange) mengacu pada file teks polos yang menggunakan encoding karakter ASCII. File ASCII dapat dibaca secara universal dan dapat dibuka dengan editor teks apa pun. Dalam konteks konversi file, mengonversi file SAM menjadi file ASCII biasanya berarti mengekstrak data alignment ke dalam format teks polos yang sederhana, sering kali untuk analisis lebih lanjut atau kompatibilitas dengan perangkat lunak lain.

Mengapa mengonversi SAM ke ASCII?

Mengonversi file SAM ke file ASCII bisa berguna untuk menyederhanakan data, mengekstrak bidang tertentu, atau menyiapkan data untuk digunakan dalam aplikasi yang memerlukan input teks polos. Proses ini juga dapat membantu mengurangi ukuran file dan menghapus metadata yang tidak diperlukan.

Cara mengonversi SAM ke ASCII

Karena file SAM sudah dalam format berbasis teks, konversi ke ASCII biasanya melibatkan mengekstrak kolom tertentu atau merombak ulang data. Ini dapat dilakukan menggunakan alat baris perintah atau perangkat lunak khusus.

Menggunakan alat baris perintah (disarankan untuk pengguna bioinformatika)

• awk: Alat pemrosesan teks yang kuat yang tersedia di sistem Unix/Linux. Misalnya, untuk mengekstrak tiga kolom pertama dari file SAM dan menyimpannya sebagai file ASCII, gunakan:

awk '!/^@/ {print $1 "\t" $2 "\t" $3}' input.sam > output.txt

Perintah ini melewati baris header (dimulai dengan @) dan mengeluarkan tiga kolom pertama, dipisahkan oleh tab.

Menggunakan Notepad++ (untuk pengguna Windows)

1. Buka file .sam Anda di Notepad++.
2. Gunakan Search → Replace untuk menghapus atau mengubah bidang yang tidak diinginkan.
3. Simpan file tersebut sebagai File → Save As dan pilih All types dengan ekstensi .txt.

Perangkat lunak terbaik untuk konversi SAM ke ASCII

• Samtools: Sekumpulan program untuk berinteraksi dengan file SAM/BAM. Gunakan samtools view untuk mengekstrak alignment dan mengarahkan output ke file teks polos.
• awk atau sed: Untuk ekstraksi dan pemformatan khusus.
• Notepad++: Untuk pengeditan manual dan penyimpanan sebagai teks ASCII.

Ringkasan

Mengonversi file SAM menjadi file ASCII cukup sederhana karena SAM sudah berbasis teks. Prosesnya biasanya melibatkan ekstraksi atau pemformatan data menggunakan alat seperti awk, samtools, atau editor teks seperti Notepad++. Pilih metode yang paling sesuai dengan alur kerja dan kebutuhan data Anda.