Konversi SCF menjadi FASTQ

Memahami Format File SCF dan FASTQ

SCF (Standard Chromatogram Format) adalah format file yang digunakan untuk menyimpan data sequencing DNA, termasuk data sinyal mentah dan panggilan basis dari automated DNA sequencers. Format ini umum digunakan dalam bioinformatika untuk pengarsipan dan analisis hasil sequencing.

FASTQ adalah format berbasis teks yang banyak digunakan untuk menyimpan kedua urutan nucleotide dan skor kualitas yang sesuai. Format ini adalah standar untuk menyimpan data sequencing berkecepatan tinggi, kompatibel dengan sebagian besar alat dan pipeline bioinformatika modern.

Mengapa mengonversi SCF ke FASTQ?

Mengonversi file SCF ke format FASTQ penting untuk mengintegrasikan data sequencing legacy ke dalam workflow analisis modern. File FASTQ kompatibel dengan berbagai aplikasi hilir, seperti alignment urutan, panggilan varian, dan kontrol kualitas.

Cara mengonversi SCF ke FASTQ

Untuk mengonversi file SCF ke FASTQ, Anda memerlukan alat yang dapat mengekstrak panggilan basis dan skor kualitas dari data kromatogram dan memformatnya dengan tepat. Salah satu alat terbaik untuk tujuan ini adalah seqret dari rangkaian EMBOSS.

Perangkat lunak yang direkomendasikan: EMBOSS seqret

EMBOSS seqret adalah alat command-line yang serbaguna yang mendukung konversi antara banyak format urutan, termasuk SCF dan FASTQ. Tersedia untuk Linux, macOS, dan Windows.

• Unduh dan instal EMBOSS dari situs resmi: emboss.open-bio.org
• Buka terminal atau command prompt.
• Jalankan perintah berikut untuk mengonversi file Anda:

seqret -sequence input.scf -outseq output.fastq

Perintah ini membaca file input.scf dan menulis data urutan dan kualitas ke output.fastq.

Alat alternatif

Alat lain yang dapat melakukan konversi SCF ke FASTQ meliputi:

• Biopython (perpustakaan Python): Gunakan modul Bio.SeqIO untuk membaca SCF dan menulis FASTQ.
• SeqTrace: Alat grafis untuk melihat dan mengekspor data kromatogram.

Ringkasan

Mengonversi file SCF ke format FASTQ memungkinkan penggunaan data sequencing legacy dalam pipeline bioinformatika modern. EMBOSS seqret adalah alat yang andal dan efisien untuk konversi ini, memastikan kompatibilitas dengan berbagai alat analisis.