Konversi SCF menjadi AB1

Memahami Format File SCF dan AB1

SCF (Standard Chromatogram Format) dan AB1 (Applied Biosystems DNA Sequencing Chromatogram) adalah kedua format file yang digunakan dalam sequensing DNA. SCF merupakan format standar terbuka untuk menyimpan data sequencing DNA, sementara AB1 adalah format proprietary yang dikembangkan oleh Applied Biosystems, berisi data sequencing mentah, panggilan basis, dan skor kualitas.

Mengapa mengonversi SCF ke AB1?

Mengonversi SCF ke AB1 mungkin diperlukan untuk kompatibilitas dengan alat bioinformatika tertentu atau perangkat lunak analisis sequencing yang hanya menerima file AB1. Konversi ini memungkinkan peneliti menggunakan berbagai alat analisis dan visualisasi yang lebih luas.

Cara mengonversi SCF ke AB1

Konversi langsung dari SCF ke AB1 tidak umum didukung oleh sebagian besar perangkat lunak, karena AB1 adalah format proprietary. Namun, beberapa alat bioinformatika khusus dan utilitas baris perintah dapat melakukan konversi ini.

Perangkat lunak yang direkomendasikan untuk konversi SCF ke AB1

• SeqTrace: Alat sumber terbuka untuk melihat dan mengedit kromatogram sequencing DNA. Meskipun SeqTrace dapat membuka file SCF dan mengekspor data, tidak secara native mengekspor ke AB1. Namun, dapat membantu dalam memvisualisasikan dan mengekspor ulang data dalam format lain.
• Staden Package: Paket ini mencakup alat seperti convert_trace yang dapat mengonversi antara berbagai format kromatogram, termasuk SCF dan AB1. Gunakan baris perintah untuk melakukan konversi: convert_trace input.scf output.ab1.
• BioPython: Untuk pengguna tingkat lanjut, modul Bio.SeqIO dari BioPython dapat membaca file SCF, tetapi penulisan file AB1 tidak didukung secara langsung. Skrip kustom mungkin diperlukan.

Langkah-langkah konversi menggunakan Staden Package

1. Unduh dan instal Staden Package dari situs web resmi.
2. Buka terminal atau command prompt.
3. Navigasikan ke direktori yang berisi file SCF Anda.
4. Jalankan perintah: convert_trace input.scf output.ab1
5. Periksa direktori output untuk file AB1 baru Anda.

Pertimbangan penting

• AB1 adalah format proprietary, sehingga beberapa metadata mungkin tidak sepenuhnya terjaga selama konversi.
• Selalu verifikasi integritas dan kualitas file AB1 yang dikonversi sebelum menggunakannya dalam aplikasi hilir.