Konversi FASTA menjadi AB1

Aplikasi sequencing mungkin memerlukan kromatogram .ab1 ketika file FASTA tersedia, atau laboratorium mungkin perlu membagikan bukti Sanger asli, bukan hanya sekuens konsensusnya. File-file ini tidak setara: FASTA berisi huruf, sedangkan AB1 dapat berisi data elektroferogram yang diukur.

Apa itu format FASTA

FASTA adalah format sekuens plain-text. Sebuah record memiliki header yang diawali dengan >, diikuti huruf nukleotida atau asam amino, biasanya dibungkus ke dalam beberapa baris.

Peneliti, fasilitas sequencing, genome browser, database, program alignment, tool desain primer, assembler, dan utilitas command-line menggunakan FASTA untuk pertukaran dan analisis sekuens. FASTA umumnya tidak berisi trace elektroferogram, intensitas kanal dye, posisi peak, nilai kualitas per basa, pengaturan instrumen, atau metadata run.

Apa itu format AB1

AB1, yang juga disebut ABI atau ABIF, adalah format kromatogram biner yang terkait dengan instrumen sequencing Applied Biosystems dan software sequencing Sanger yang kompatibel. File AB1 dapat berisi trace empat kanal dye, base calls, skor kualitas, lokasi peak, informasi sampel, dan parameter run; record yang tersedia bergantung pada instrumen dan software yang membuatnya.

Chromatogram viewer dan editor seperti FinchTV, Chromas, 4Peaks, SnapGene, dan Geneious Prime dapat membuka banyak file AB1. Tool tersebut dapat menampilkan pemisahan peak dan base calls ambigu, memungkinkan pengeditan sekuens, serta mengekspor konsensus sebagai FASTA. Pertahankan AB1 asli karena FASTA yang diekspor tidak menyimpan trace yang diukur.

Mengapa konversi langsung tidak dapat dilakukan

Tidak ada konversi FASTA-ke-AB1 yang lossless. Sekuens FASTA tidak berisi sinyal eksperimen yang diperlukan untuk merekonstruksi kromatogram asli. Software dapat menulis file biner atau menyimulasikan peak dalam beberapa workflow khusus, tetapi file sintetis bukan bukti dari suatu run sequencing dan harus diberi label sebagai simulasi.

Cara menangani konversi

1. Periksa software penerima terlebih dahulu. Gunakan File → Open atau File → Import dan pilih file FASTA jika teks sekuens sudah mencukupi. Banyak program analisis menerima FASTA secara langsung dan tidak memerlukan AB1.
2. Minta kromatogram sumber. Jika FASTA berasal dari sequencing Sanger, mintalah fasilitas sequencing untuk memberikan file .ab1 yang sesuai, sebaiknya bersama identifier sampel dan sekuens konsensus. File AB1 yang dibuat oleh fasilitas tersebut berisi trace asli dan informasi base-calling.
3. Periksa dan edit AB1 asli. Buka file tersebut di FinchTV, Chromas, 4Peaks, SnapGene, atau Geneious Prime. Periksa ujung berkualitas rendah, peak campuran, dye blob, dan posisi ambigu sebelum mengekspor konsensus yang telah diedit ke FASTA.
4. Gunakan tool FASTA hanya untuk operasi sekuens. Biopython, EMBOSS, dan SeqKit dapat mem-parsing, memvalidasi, memformat ulang, atau mengonversi teks sekuens. Misalnya, seqkit seq input.fasta > output.fasta menulis ulang file FASTA; perintah tersebut tidak membuat data trace AB1.
5. Sepakati pengganti jika trace sumber tidak tersedia. Kirim file FASTA, atau minta penerima menerima kromatogram simulasi. Jangan menyajikan AB1 simulasi sebagai hasil sequencing yang diukur.

Opsi online dan desktop

Tidak ada converter online serbaguna yang bereputasi baik yang dapat mengubah FASTA yang hanya berisi sekuens menjadi kromatogram ABI autentik, karena sinyal yang hilang tidak dapat dipulihkan. FASTA validator atau reformatter online, termasuk layanan yang berbasis pada EMBOSS atau Galaxy, dapat membersihkan dan memeriksa teks sekuens, tetapi tidak dapat memenuhi kebutuhan akan data AB1 terukur.

Untuk sekuens rahasia, belum dipublikasikan, atau terkait pasien, gunakan software lokal daripada mengunggah file ke situs konversi yang tidak terverifikasi. Editor kromatogram desktop sesuai digunakan jika AB1 asli tersedia; editor tersebut tidak dapat membuatnya kembali dari FASTA konsensus.

Keterbatasan kompatibilitas

AB1 adalah file ABIF biner, bukan sekuens teks dengan ekstensi yang berbeda. Mengubah nama sequence.fasta menjadi sequence.ab1 tidak mengubah isinya dan biasanya menyebabkan aplikasi melaporkan file yang rusak atau tidak didukung.

Beberapa program hanya membaca record ABIF tertentu atau mendukung penayangan tetapi tidak mendukung pengeditan dan ekspor. Simpan file asli tanpa perubahan, uji file yang dihasilkan di software penerima, dan sediakan FASTA secara terpisah untuk aplikasi yang hanya memerlukan sekuens hasil base-calling.