Konversi FASTA menjadi FASTQ

Memahami Format File FASTA dan FASTQ

FASTA adalah format berbasis teks yang banyak digunakan untuk mewakili urutan nukleotida atau peptida. Setiap urutan dalam file FASTA diawali dengan deskripsi baris tunggal (dimulai dengan >), diikuti oleh baris-baris data urutan. FASTQ adalah format lain yang digunakan dalam bioinformatika, yang memperluas FASTA dengan menyertakan skor kualitas untuk setiap nukleotida, sehingga menjadi penting untuk menyimpan data sequencing mentah dari instrumen sequencing berkecepatan tinggi.

Mengapa mengkonversi FASTA ke FASTQ?

Mengonversi dari FASTA ke FASTQ diperlukan ketika alat downstream membutuhkan skor kualitas, meskipun hanya skor dummy atau seragam yang diberikan. Ini umum dilakukan saat mensimulasikan data sequencing atau menyiapkan data untuk pipeline bioinformatika tertentu.

Bagaimana cara mengkonversi FASTA ke FASTQ

Karen file FASTA tidak mengandung informasi kualitas, konversi ke FASTQ biasanya melibatkan penetapan skor kualitas default untuk setiap basis. Ini dapat dilakukan menggunakan alat command-line atau perangkat lunak khusus.

Perangkat lunak yang direkomendasikan untuk konversi FASTA ke FASTQ

• Seqtk: Alat command-line ringan dan efisien untuk memproses urutan. Untuk mengkonversi, gunakan:
  seqtk seq -F '#' input.fasta > output.fastq
  Ini menetapkan skor kualitas default ('#', yang berkorespondensi dengan skor Phred rendah tetapi valid) ke setiap basis.
• BBMap (reformat.sh): Alat serbaguna lainnya. Gunakan:
  reformat.sh in=input.fasta out=output.fastq qout=30
  Ini menetapkan skor kualitas Phred sebesar 30 ke semua basis.
• Platform Galaxy: Bagi yang lebih suka antarmuka grafis, unggah file FASTA Anda dan gunakan alat FASTA-to-FASTQ, tentukan skor kualitas yang diinginkan.

Contoh langkah demi langkah menggunakan Seqtk

1. Install Seqtk dari repository GitHub atau melalui manajer paket.
2. Buka terminal Anda dan jalankan:
   seqtk seq -F 'I' input.fasta > output.fastq
   Ini menetapkan skor kualitas tinggi ('I', Phred 40) ke setiap basis.
3. Periksa output.fastq untuk urutan yang telah dikonversi beserta skor kualitasnya.

Kesimpulan

Mengkonversi FASTA ke FASTQ cukup mudah menggunakan alat seperti Seqtk atau BBMap. Ingat, skor kualitas yang dihasilkan adalah buatan kecuali Anda memiliki data kualitas nyata.