Konversi FASTA menjadi ABI

Pemahaman Format File FASTA dan ABI

FASTA adalah format berbasis teks yang digunakan secara luas untuk merepresentasikan urutan nukleotida atau peptida. Setiap urutan dalam file FASTA diawali dengan deskripsi satu baris, diikuti oleh baris-baris data urutan. Format ini umum digunakan dalam bioinformatika untuk menyimpan urutan DNA, RNA, atau protein.

ABI file, di sisi lain, adalah file biner yang dihasilkan oleh DNA sequencers dari Applied Biosystems. Mereka berisi data sequencing mentah, termasuk jejak kromatogram, panggilan basa, dan skor kualitas. File ABI penting untuk memvisualisasikan dan menganalisis hasil sequencing.

Kenapa mengonversi FASTA ke ABI?

Mengonversi file FASTA ke file ABI bukanlah alur kerja yang umum, karena FASTA hanya berisi data urutan, sementara file ABI menyimpan output sequencing mentah. Namun, dalam beberapa kasus, peneliti mungkin ingin mensimulasikan data sequencing atau membuat file ABI palsu untuk pengujian pipeline analisis atau alat perangkat lunak.

Bagaimana cara mengonversi FASTA ke ABI

Konversi langsung dari FASTA ke ABI tidaklah sederhana karena perbedaan tipe data. Dibutuhkan alat khusus untuk mensimulasikan data kromatogram dari informasi urutan. Salah satu solusi terbaik adalah FASTA2ABI, sebuah alat baris perintah yang dirancang untuk tujuan ini.

Perangkat lunak yang direkomendasikan: FASTA2ABI

• FASTA2ABI adalah alat sumber terbuka yang menghasilkan file ABI yang disimulasikan dari urutan FASTA.
• Alat ini membuat jejak kromatogram dan panggilan basa berdasarkan urutan input.
• Tersedia untuk Linux dan macOS; mungkin memerlukan kompilasi dari sumber.

Langkah-langkah mengonversi menggunakan FASTA2ABI

1. Unduh dan instal FASTA2ABI dari repositori resminya.
2. Siapkan file FASTA dengan urutan yang diinginkan.
3. Jalankan alat menggunakan perintah:
   fasta2abi input.fasta output.ab1
4. Buka file ABI yang dihasilkan dalam perangkat lunak penampil kromatogram (misalnya, FinchTV atau SnapGene Viewer).

Pendekatan alternatif

Jika Anda perlu memvisualisasikan atau menganalisis data urutan tanpa menghasilkan file ABI, pertimbangkan menggunakan penampil urutan yang mendukung format FASTA secara langsung, seperti SnapGene Viewer atau UGENE.

Ringkasan

Meski mengonversi FASTA ke ABI tidak umum dan biasanya membutuhkan simulasi, FASTA2ABI adalah alat terbaik yang tersedia untuk menghasilkan file ABI palsu dari data urutan. Selalu periksa kompatibilitas file yang dihasilkan dengan alat analisis downstream Anda.