Konverter online gratis LIF ke OME.TIFF

Software dan instrumen microscopy Leica umumnya menyimpan akuisisi gambar multidimensi sebagai LIF, sementara banyak alat analisis, pengarsipan, dan interoperabilitas mengharapkan OME-TIFF. Mengonversi file akan mempertahankan bidang gambar dan, jika didukung oleh importer, metadata microscopy dalam format berbasis TIFF yang dapat dibaca secara luas.

Apa itu format LIF

LIF adalah container proprietary milik Leica Microsystems untuk akuisisi fluorescence, confocal, dan microscopy lainnya. Satu file dapat berisi beberapa image series, channel, z-stack, time point, scene, dan metadata akuisisi. Leica LAS X dan software imaging Leica versi lama membuat file LIF, sehingga file ini umum ditemukan ketika data diekspor langsung dari microscope Leica.

Karena LIF bersifat proprietary dan dapat berisi beberapa series independen, image viewer biasa sering kali hanya menampilkan sebagian data atau sama sekali tidak dapat membukanya.

Apa itu format OME-TIFF

OME-TIFF menyimpan data gambar TIFF bersama metadata OME-XML yang menjelaskan dimensi seperti ukuran, channel, kedalaman z, time point, tipe pixel, dan kalibrasi fisik. Format ini didukung oleh Fiji, ImageJ, Bio-Formats, napari, OMERO, QuPath, dan software scientific imaging lainnya.

Gunakan OME-TIFF ketika aplikasi penerima memerlukan format microscopy yang terbuka dan terdokumentasi, atau ketika dataset harus mempertahankan struktur multidimensi alih-alih dikurangi menjadi JPEG datar atau TIFF biasa. Dataset berukuran besar dapat ditulis sebagai BigTIFF atau sebagai urutan OME-TIFF multi-file.

Cara mengonversi LIF ke OME-TIFF

Menggunakan Fiji dan Bio-Formats

1. Instal Fiji, yang menyertakan reader dan writer Bio-Formats.
2. Buka file dengan File → Open dan pilih sample.lif. Dalam dialog Bio-Formats Import Options, pilih series yang diperlukan. Aktifkan Use virtual stack untuk dataset yang terlalu besar untuk dimuat ke dalam memory.
3. Untuk satu series yang dipilih, gunakan Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Exporter.
4. Atur nama file output menjadi sample.ome.tiff, pilih kompresi lossless seperti LZW atau tanpa kompresi, lalu simpan.
5. Ulangi export untuk setiap series LIF jika file berisi beberapa scene atau akuisisi. Periksa file yang diekspor dengan membukanya kembali menggunakan Bio-Formats dan memverifikasi channel, z-slice, time point, serta kalibrasi pixel.

Menggunakan Bio-Formats command-line tools

Instal Bio-Formats command-line tools dan jalankan:

bfconvert input.lif output.ome.tiff

Untuk mengonversi satu series dari LIF multi-series, tentukan indeks series berbasis nol:

bfconvert -series 0 input.lif output.ome.tiff

Untuk kompresi LZW lossless, gunakan:

bfconvert -compression LZW input.lif output.ome.tiff

Periksa OME-XML dan dimensi yang dihasilkan dengan showinf output.ome.tiff, yaitu utilitas command-line Bio-Formats lainnya. Untuk konversi sesekali tanpa menginstal software, converter gratis di 101convert.com dapat digunakan.

Kualitas, kompatibilitas, dan keterbatasan

• Pilih kompresi lossless atau tanpa kompresi untuk quantitative microscopy; kompresi JPEG dapat mengubah nilai intensitas dan menimbulkan artefak.
• Sebuah LIF dapat berisi beberapa series dengan dimensi yang berbeda. Mengekspor hanya series yang sedang dipilih tidak akan mengonversi series lainnya.
• Dukungan metadata OME-TIFF bergantung pada reader. Verifikasi nama channel, penetapan warna, ukuran pixel fisik, jarak z, interval waktu, dan tanggal akuisisi setelah konversi.
• File yang sangat besar dapat melampaui batas TIFF klasik. Gunakan BigTIFF atau opsi OME-TIFF multi-file ketika exporter menyediakannya, dan pastikan aplikasi tujuan mendukung varian tersebut.
• Jangan gunakan image export biasa jika mempertahankan z-stack, time series, channel, atau metadata microscopy diperlukan; gunakan import dan export Bio-Formats.