Konverter online gratis VSI ke OME.TIFF

Apa itu format VSI

VSI adalah format virtual-slide proprietary yang digunakan oleh scanner seri VS Olympus dan software Olympus cellSens. Dataset VSI dapat berisi microscope images bertile, multi-resolusi, beberapa channel, beberapa focal plane, serta acquisition metadata. Format ini biasanya ditemukan bersama folder pendamping yang berisi image data, jadi salin seluruh dataset asli sebelum konversi; memindahkan hanya file .vsi dapat membuat slide tidak dapat dibaca.

Apa itu format OME-TIFF

OME-TIFF adalah format microscopy berbasis TIFF yang menyimpan pixel bersama metadata OME-XML yang menjelaskan dimensi, channel, plane, physical pixel size, dan acquisition information terkait. Format ini didukung oleh Fiji, Bio-Formats, QuPath, napari dengan plugin yang sesuai, serta banyak scientific image-processing library.

OME-TIFF lebih disarankan ketika software tidak dapat membaca VSI, ketika dataset harus dipertukarkan antar-aplikasi microscopy, atau ketika metadata perlu tetap berada dalam struktur yang terdokumentasi. Format ini dapat menggunakan lossless compression seperti LZW dan dapat ditulis sebagai BigTIFF ketika output melebihi batas ukuran TIFF klasik.

Cara mengonversi VSI ke OME-TIFF

Menggunakan Bio-Formats

Bio-Formats adalah opsi desktop dan command-line yang paling langsung karena mencakup VSI reader dan OME-TIFF writer.

1. Instal Fiji, yang menyertakan Bio-Formats, atau download command-line tools Bio-Formats.
2. Simpan file .vsi dan data folder terkaitnya secara bersamaan.
3. Untuk command-line conversion, jalankan:

bfconvert -compression LZW -overwrite input.vsi output.ome.tiff

Gunakan BigTIFF untuk hasil yang sangat besar:

bfconvert -bigtiff -compression LZW -overwrite input.vsi output.ome.tiff

Jika VSI berisi beberapa image series, periksa series list terlebih dahulu dan konversikan series yang diperlukan secara terpisah. Jika tidak, Bio-Formats mungkin menulis beberapa series atau menghasilkan output names berdasarkan source series. Contoh command khusus series adalah:

bfconvert -series 0 -compression LZW -overwrite input.vsi output-series-0.ome.tiff

Opsi yang tersedia secara tepat bergantung pada versi Bio-Formats; jalankan bfconvert -help untuk memverifikasinya.

Menggunakan Fiji

1. Buka dataset melalui Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Importer.
2. Pilih file VSI dan pertahankan dimensi, channel, serta series asli dalam importer options.
3. Export image yang telah dibuka melalui File → Save As → OME-TIFF, atau gunakan Bio-Formats exporter jika tersedia.
4. Pilih kompresi LZW untuk penyimpanan lossless dan pilih BigTIFF jika estimated output lebih besar dari 4 GB.

Untuk whole-slide image, verifikasi apakah exporter yang dipilih mempertahankan multi-resolution pyramid. Jika exporter hanya mengekspor resolution yang sedang dibuka, hasilnya merupakan OME-TIFF yang valid, tetapi bukan slide pyramidal yang setara.

Mengonversi tanpa software yang terinstal

Anda dapat mengonversi file di website 101convert.com secara gratis tanpa menginstal software, selama service tersebut menerima dataset VSI dan associated files-nya. Upload dataset lengkap ketika converter meminta companion files, lalu pastikan OME-TIFF yang dihasilkan berisi series dan metadata yang diperlukan.

Kualitas, kompatibilitas, dan keterbatasan

Kompresi LZW bersifat lossless, sehingga mempertahankan pixel values sekaligus mengurangi ukuran; kompresi JPEG dapat menimbulkan artifacts dan tidak sesuai jika quantitative measurements bergantung pada pixel asli. Konversi tidak dapat memulihkan informasi yang tidak tersedia dari VSI reader atau exporter, dan beberapa Olympus-specific annotations, stage data, pyramid details, atau proprietary metadata mungkin tidak dapat dipetakan ke OME-XML.

Periksa output di Fiji atau Bio-Formats dengan membandingkan width, height, channel count, z-depth, time points, pixel type, dan physical pixel size dengan source. Uji juga file tersebut di target application: OME-TIFF yang compliant terhadap standar mungkin memiliki metadata yang valid, tetapi tidak memiliki pyramidal layout atau vendor-specific annotations yang diperlukan oleh whole-slide viewer tertentu.