Konversi NBIB menjadi BIBTEX

Editor LaTeX, proyek Overleaf, dan beberapa alur kerja pengiriman jurnal memerlukan database BibTeX, bukan file .nbib yang diunduh dari PubMed. Mengonversi rekaman akan membuat file .bib yang dapat diedit untuk sitasi sekaligus mempertahankan metadata publikasi yang tersedia.

Apa itu format NBIB

NBIB adalah format sitasi bertag milik PubMed, yang didasarkan pada struktur rekaman MEDLINE. PubMed membuatnya melalui Save → Citation manager; file biasanya menggunakan ekstensi .nbib dan berisi tag untuk PMID, penulis, judul, jurnal, tanggal publikasi, volume, edisi, halaman, DOI, serta data rekaman lainnya.

Reference manager terutama menggunakan NBIB untuk mengimpor hasil PubMed. Format ini berupa teks biasa, tetapi tag bidang dan struktur rekamannya tidak dapat langsung digunakan sebagai database BibTeX.

Apa itu format BibTeX

BibTeX menyimpan referensi sebagai entri seperti @article{key, ...} dalam file .bib berupa teks biasa. LaTeX, Overleaf, JabRef, dan banyak reference manager menggunakan entri ini untuk menghasilkan sitasi dan bibliografi.

Jenis entri yang umum mencakup @article, @book, dan @inproceedings. Setiap entri memiliki kunci sitasi yang digunakan oleh perintah seperti \cite{key}. File BibTeX bersifat portabel dan dapat diedit, tetapi hasil konversinya bergantung pada metadata yang terdapat dalam rekaman NBIB.

Konversi dengan Zotero

1. Instal Zotero dari situs web resmi Zotero dan buka aplikasi tersebut.
2. Pilih File → Import, pilih opsi untuk mengimpor file, lalu buka file .nbib. Jika Zotero meminta format, pilih pengimpor PubMed atau MEDLINE.
3. Tinjau item yang diimpor, termasuk nama penulis, judul, tanggal, rentang halaman, judul jurnal, dan nilai DOI.
4. Pilih item atau koleksi, lalu pilih File → Export Library atau klik kanan pilihan tersebut dan pilih Export Items.
5. Pilih BibTeX, tetapkan nama file yang diakhiri dengan .bib, lalu simpan hasil ekspor.

Zotero cocok untuk konversi sesekali karena memungkinkan Anda memperbaiki rekaman sebelum mengekspornya. Ekstensi Better BibTeX for Zotero menambahkan pembuatan kunci sitasi yang dapat dikonfigurasi dan berguna untuk pustaka yang akan diekspor berulang kali; ekstensi ini merupakan ekstensi pihak ketiga, bukan bagian dari instalasi inti Zotero.

Konversi dengan Bibutils

Bibutils sesuai untuk pemrosesan berulang melalui command line atau secara batch. Utilitas med2xml membaca rekaman bertag bergaya MEDLINE, sedangkan xml2bib mengonversi MODS XML perantara menjadi BibTeX.

Jalankan:

med2xml input.nbib > intermediate.xml
xml2bib intermediate.xml > output.bib

Perintah ini berfungsi di shell macOS dan Linux serta di Windows PowerShell ketika Bibutils telah diinstal dan executable-nya berada di system path. Jika tidak, berikan path lengkap ke executable tersebut. Buka output.bib di JabRef, Zotero, atau editor teks, lalu periksa rekamannya sebelum menggunakannya untuk sitasi.

Gunakan layanan online

Konverter online PMID-to-BibTeX milik Paperpile berguna ketika rekaman diidentifikasi berdasarkan PubMed ID, bukan ketika file NBIB lokal harus dikonversi secara batch. Salin PMID dari rekaman NBIB ke dalam konverter, buat entri BibTeX, lalu simpan hasilnya sebagai .bib. Verifikasi metadata yang dikembalikan karena layanan tersebut mengambil rekaman terkini dan mungkin menghasilkan bidang yang berbeda dari unduhan NBIB asli.

Layanan online sebaiknya dibatasi untuk referensi yang tidak bersifat rahasia. Kebijakan pengunggahan, penyimpanan, dan pemetaan bidangnya berbeda-beda; gunakan Zotero atau Bibutils untuk rekaman yang belum dipublikasikan, dibatasi, atau sensitif terhadap privasi.

Periksa database yang telah dikonversi

• Data yang hilang: Rekaman NBIB mungkin tidak menyertakan abstrak, rentang halaman lengkap, informasi edisi, pengenal ORCID, atau nilai DOI. Konversi tidak dapat memulihkan bidang yang tidak ada dalam sumber.
• Nama penulis: PubMed biasanya menyediakan inisial, bukan nama depan lengkap. Periksa sufiks, partikel nama, dan penulis organisasi, yang dapat ditafsirkan secara keliru oleh pengimpor.
• Kunci sitasi: Cari kunci duplikat, terutama pada artikel dengan penulis pertama dan tahun publikasi yang sama. Buat ulang atau edit kunci sebelum mengompilasi dokumen.
• Kapitalisasi: Pertahankan kapitalisasi nama, akronim, simbol gen, dan formula kimia yang sensitif terhadap kapitalisasi dengan tanda kurung kurawal, misalnya title = {Effects of {DNA} repair}.
• Karakter khusus: Kompilasikan dokumen pengujian setelah ekspor. Karakter beraksen, ampersand, tanda persen, garis bawah, dan karakter lain yang sensitif terhadap LaTeX mungkin perlu di-escape atau memerlukan konfigurasi UTF-8 yang sesuai.
• Jenis entri: Jenis publikasi PubMed tidak selalu dapat dipetakan dengan sempurna ke jenis BibTeX. Periksa ulasan, editorial, surat, pedoman, dan materi konferensi, alih-alih menganggap setiap rekaman harus berupa @article.