Konverter online gratis NDPI ke OME.TIFF

Apa itu format NDPI

NDPI adalah format whole-slide image proprietary milik Hamamatsu. Scanner Hamamatsu NanoZoomer membuat file NDPI saat mendigitalkan slide patologi, sering kali bersama file index atau metadata terkait. Anda mungkin menemukannya di NDP.view2, NDP.view, QuPath, Fiji, dan aplikasi lain yang menggunakan reader Bio-Formats atau OpenSlide.

File NDPI dapat berisi gambar full-resolution yang sangat besar, viewing level dengan downsampling, beberapa image series, dan terkadang beberapa focal plane. Metadata internal dan struktur pyramid-nya bersifat spesifik vendor, sehingga program TIFF umum mungkin tidak dapat membukanya dengan benar.

Apa itu format OME-TIFF

OME-TIFF adalah format berbasis TIFF yang ditetapkan oleh Open Microscopy Environment. Format ini menyimpan data gambar dalam TIFF directories dan menjelaskan dimensi, channel, ukuran pixel, plane, serta informasi terkait dalam metadata OME-XML.

Untuk whole-slide image, OME-TIFF dapat berisi resolution level bertile dan berpyramid. Hal ini memungkinkan viewer yang kompatibel menampilkan overview kecil terlebih dahulu dan hanya memuat tile beresolusi tinggi yang diperlukan untuk navigasi. Format ini didukung oleh Bio-Formats, Fiji, QuPath, napari dengan plugin yang sesuai, dan banyak microscopy workflow.

OME-TIFF berguna ketika software memerlukan format yang terdokumentasi dan interoperable, bukan file khusus scanner. Format ini tidak otomatis membuat gambar menjadi lebih kecil; ukuran output bergantung pada source data, pengaturan tile, pyramid level, dan compression.

Cara mengonversi NDPI ke OME-TIFF

Menggunakan Bio-Formats bfconvert

Bio-Formats adalah opsi command-line desktop yang paling praktis untuk mempertahankan metadata microscopy dan menangani gambar yang sangat besar. Instal package Bio-Formats dari Open Microscopy Environment, lalu jalankan bfconvert dari terminal.

1. Tempatkan file NDPI di folder dengan free space yang cukup untuk output. Whole-slide OME-TIFF dapat berukuran beberapa gigabyte.
2. Konversikan image series yang dipilih dengan tiled, lossless TIFF output:

bfconvert -overwrite -bigtiff -compression LZW input.ndpi output.ome.tiff

-bigtiff sesuai untuk file yang mungkin melebihi batas sekitar 4 GB pada classic TIFF. LZW bersifat lossless; gunakan JPEG hanya jika file yang lebih kecil lebih penting daripada mempertahankan setiap source pixel.

Jika NDPI berisi beberapa series, periksa daftar series Bio-Formats dan konversikan series yang diperlukan dengan series option seperti:

bfconvert -overwrite -series 0 -bigtiff -compression LZW input.ndpi output.ome.tiff

Untuk output whole-slide yang berpyramid, gunakan versi Bio-Formats terbaru yang mendukung pyramid writing:

bfconvert -overwrite -bigtiff -compression LZW -pyramid-resolutions 5 -pyramid-scale 2 input.ndpi output.ome.tiff

Perintah ini membuat lima resolution level dengan pengurangan dua kali lipat antarlevel. Sesuaikan jumlah level dan scale dengan target viewer; slide yang sangat besar biasanya diuntungkan oleh tiled pyramid. Jalankan bfconvert tanpa argumen, atau lihat help versi yang terinstal, karena pyramid option yang tersedia dapat berbeda antar-rilis Bio-Formats.

Menggunakan 101convert.com

Anda juga dapat mengonversikan file di website 101convert.com secara gratis tanpa menginstal software. Upload NDPI, pilih OME-TIFF sebagai output format, mulai konversi, lalu download hasilnya. Untuk slide klinis atau slide penelitian yang belum dipublikasikan, periksa ketentuan handling dan retention layanan tersebut sebelum meng-upload; untuk file whole-slide berukuran besar, metode desktop umumnya lebih praktis.

Quality, compatibility, dan limitations

• Konversi tidak dapat memulihkan detail yang hilang ketika scanner menyimpan source menggunakan JPEG compression. Memilih LZW akan mempertahankan pixel yang diberikan oleh NDPI reader, tetapi tidak memulihkan informasi yang telah dibuang.
• Bio-Formats mentransfer metadata yang dapat diinterpretasikannya, termasuk banyak dimensi dan physical pixel size, tetapi field scanner proprietary, annotation, barcode data, dan application-specific region mungkin tidak sepenuhnya dipetakan ke OME-XML.
• Periksa output dalam whole-slide viewer seperti QuPath atau Fiji dengan Bio-Formats. Pastikan overview, full-resolution view, orientasi, pixel dimension, dan physical scale sudah benar.
• OME-TIFF biasa tanpa pyramid mungkin dapat dibuka dalam software microscopy, tetapi bekerja kurang baik dalam whole-slide viewer. Jika navigasi lambat atau aplikasi melaporkan resolution level yang hilang, buat ulang file tiled pyramidal.
• Simpan NDPI asli sebagai archival source. OME-TIFF adalah interoperability copy dan mungkin tidak menyertakan metadata khusus scanner atau NDPI series tambahan.