Konverter online gratis NDPI ke TIFF

File NDPI adalah citra whole-slide yang dihasilkan oleh scanner NanoZoomer Hamamatsu, tetapi banyak editor gambar, sistem laboratorium, dan alur kerja arsip mengharapkan TIFF. Mengonversinya ke TIFF membuat citra lebih mudah dibuka, diproses, dan dibagikan, meskipun slide beresolusi penuh mungkin memerlukan BigTIFF dan ruang penyimpanan yang besar.

Apa itu format NDPI

NDPI adalah format citra whole-slide proprietary milik Hamamatsu. Scanner NanoZoomer menyimpan slide mikroskop sebagai citra multi-resolusi yang sangat besar dengan metadata terkait, thumbnail, dan terkadang citra label. Anda mungkin menemukan file NDPI saat menerima hasil pemindaian patologi digital atau mengekspor slide dari Hamamatsu NDP.view2.

Secara internal, NDPI menyerupai TIFF, tetapi software TIFF biasa mungkin tidak memahami strukturnya yang proprietary. OpenSlide, Fiji dengan Bio-Formats, QuPath, dan software Hamamatsu dapat membaca banyak varian NDPI. Dukungan bergantung pada generasi scanner, kompresi, dan isi file.

Apa itu format TIFF

TIFF adalah format citra raster yang didukung secara luas dan digunakan dalam mikroskopi, pemindaian, penerbitan, analisis citra, dan alur kerja pengarsipan. Format ini mendukung kompresi lossless seperti LZW, Deflate, dan Zstandard, penyimpanan tiled, multiple pages, metadata, serta ekstensi BigTIFF untuk file yang berukuran lebih dari 4 GB.

TIFF berguna ketika aplikasi tujuan tidak dapat membuka NDPI atau ketika citra harus diproses dalam software seperti ImageJ, Photoshop, atau sistem analisis laboratorium. Ekspor TIFF konvensional biasanya berupa satu resolusi atau region yang dipilih, bukan struktur slide multi-resolusi lengkap yang terdapat dalam file NDPI.

Cara benar-benar mengonversi NDPI ke TIFF

Menggunakan 101convert online

Anda dapat mengonversi file secara gratis di situs web 101convert.com tanpa menginstal software. Upload file NDPI, pilih TIFF sebagai format output, mulai konversi, lalu download hasilnya. Cara ini sesuai untuk file yang diterima oleh layanan tersebut; citra whole-slide yang sangat besar mungkin melampaui batas upload, pemrosesan, atau output, dan slide yang sensitif terhadap privasi pasien hanya boleh di-upload jika kontrol privasi yang diperlukan tersedia.

Menggunakan Fiji dan Bio-Formats

1. Instal Fiji, yang menyertakan ImageJ, lalu tambahkan atau perbarui plugin Bio-Formats melalui Help → Update.
2. Buka file melalui File → Open atau Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Importer.
3. Dalam dialog importer, pilih resolution series yang diperlukan dan hindari membuka level full-resolution jika komputer tidak memiliki RAM yang memadai.
4. Simpan citra yang telah dibuka dengan File → Save As → TIFF.

Fiji mengekspor image plane atau resolusi yang dipilih. Fiji mungkin tidak mempertahankan pyramid NDPI, anotasi scanner, atau semua metadata proprietary. Untuk ekspor yang lebih mudah dikelola, pilih series beresolusi lebih rendah atau ekspor hanya region yang diperlukan untuk analisis.

Menggunakan OpenSlide dan Python

OpenSlide membaca resolution levels dalam slide NDPI. Contoh berikut mengekspor satu resolution level lengkap sebagai RGB TIFF:

pip install openslide-python tifffile numpy

from openslide import OpenSlide
import numpy as np
import tifffile

slide = OpenSlide('sample.ndpi')
level = 2
width, height = slide.level_dimensions[level]
image = slide.read_region((0, 0), level, (width, height)).convert('RGB')
tifffile.imwrite('sample_level2.tif', np.asarray(image), photometric='rgb', compression='zlib')
slide.close()

Ubah level untuk memilih pyramid level lain; level 0 adalah resolusi tertinggi yang tersedia. Level yang dipilih dimuat ke dalam memori sebagai satu array, sehingga mengekspor slide beresolusi penuh dapat menghabiskan RAM. Untuk slide besar, proses rectangular regions dalam tiles atau ekspor level yang lebih rendah. Jika output melebihi 4 GB, gunakan BigTIFF jika didukung oleh aplikasi tujuan, misalnya dengan menambahkan bigtiff=True ke tifffile.imwrite.

Kualitas, kompatibilitas, dan keterbatasan

• Konversi tidak meningkatkan kualitas citra sumber. Jika NDPI berisi data scanner yang dikompresi dengan JPEG, ekspor TIFF tidak dapat mengembalikan detail yang hilang selama pemindaian.
• Ekspor TIFF mungkin menghapus pyramid resolusi NDPI, data fokus, kalibrasi scanner, anotasi, citra makro, dan metadata proprietary. Simpan NDPI asli sebagai master arsip.
• Gunakan kompresi TIFF lossless seperti Deflate atau LZW jika analisis lebih lanjut diperlukan. Hindari kompresi JPEG TIFF untuk pengukuran atau pengeditan berulang.
• TIFF whole-slide dapat berukuran puluhan atau ratusan gigabyte pada resolusi penuh. Tiled BigTIFF atau OME-TIFF umumnya lebih praktis daripada satu TIFF untiled, tetapi kompatibilitasnya berbeda-beda antar-aplikasi.
• Pastikan dimensi piksel, kalibrasi mikrometer per piksel, profil warna, dan orientasi setelah konversi; nilai-nilai ini mungkin tidak ikut ditransfer secara otomatis.