Konverter online gratis NDPI ke PNG

File NDPI adalah gambar mikroskopi whole-slide, sedangkan PNG didukung oleh editor gambar biasa, browser, dan software presentasi. Konversi berguna saat Anda perlu membagikan gambar slide, memberi anotasi pada wilayah tertentu, atau menggunakan data mikroskopi dalam software yang tidak dapat membaca format Hamamatsu.

Apa itu format NDPI

NDPI adalah format patologi digital milik Hamamatsu untuk slide mikroskop yang dipindai oleh sistem NanoZoomer. Format ini biasanya berisi image pyramid multi-resolusi berukuran sangat besar, dan juga dapat menyimpan beberapa focal plane, gambar label, serta metadata slide.

Anda biasanya menemukan file NDPI di laboratorium patologi, penelitian medis, fasilitas pencitraan universitas, dan dataset yang diekspor dari scanner Hamamatsu NanoZoomer. Karena sebuah slide dapat berisi miliaran piksel, file NDPI jauh lebih besar dan kompleks daripada foto biasa. Dukungan berbeda-beda antar-aplikasi; QuPath, Fiji dengan Bio-Formats, dan software berbasis OpenSlide dapat membaca banyak file NDPI.

Apa itu format PNG

PNG adalah format gambar raster lossless yang didukung oleh browser web, editor gambar, software perkantoran, dan sebagian besar sistem operasi. Format ini mempertahankan nilai piksel secara akurat selama encoding dan mendukung transparansi, tetapi tidak mempertahankan slide pyramid, data focal-plane, anotasi, atau metadata scanner NDPI dalam bentuk yang umumnya dapat digunakan.

PNG sesuai untuk figur, screenshot, wilayah jaringan yang telah diberi anotasi, laporan, dan tampilan web. Format ini biasanya tidak sesuai sebagai pengganti arsip untuk slide asli karena ekspor whole-slide dengan resolusi penuh dapat berukuran sangat besar.

Cara benar-benar mengonversi NDPI ke PNG

Menggunakan 101convert.com

1. Buka converter NDPI-to-PNG di 101convert.com; layanan ini dapat digunakan secara gratis tanpa menginstal software.
2. Upload file .ndpi dan pilih PNG sebagai format output.
3. Mulai konversi dan download file .png yang dihasilkan setelah pemrosesan selesai.

Untuk slide yang sangat besar, batas upload, waktu pemrosesan, dan dimensi output dapat menghalangi konversi lengkap dengan resolusi penuh. Mengekspor wilayah tertentu menggunakan software patologi desktop biasanya lebih praktis.

Menggunakan QuPath

1. Instal QuPath dan buka file NDPI dengan File → Open. QuPath menggunakan dukungan Bio-Formats atau OpenSlide, bergantung pada file dan konfigurasinya.
2. Atur tampilan gambar ke magnifikasi yang diperlukan. Untuk slide lengkap, gunakan fungsi ekspor gambar; untuk bagian jaringan, tentukan wilayah persegi panjang atau anotasi terlebih dahulu.
3. Pilih File → Export image atau perintah ekspor yang sesuai dalam versi QuPath Anda, pilih PNG, lalu atur resolusi output atau faktor downsampling.
4. Ekspor gambar. Jika area yang dipilih melebihi batas PNG atau memori, ekspor beberapa tile, bukan satu file yang sangat besar.

Menggunakan Fiji dan Bio-Formats

1. Instal Fiji, yang menyertakan Bio-Formats importer.
2. Buka file dengan File → Open, atau gunakan Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Importer.
3. Pilih series, level resolusi, dan wilayah yang diperlukan dalam importer. Hindari membuka slide dengan resolusi native penuh kecuali komputer memiliki memori dan penyimpanan yang memadai.
4. Simpan gambar yang ditampilkan atau dipilih dengan File → Save As → PNG.

Kualitas, kompatibilitas, dan keterbatasan

Kompresi PNG bersifat lossless, tetapi konversi tidak dapat mengembalikan detail yang telah dihilangkan karena memilih level pyramid yang lebih rendah atau melakukan downsampling. Catat ukuran piksel yang diekspor, magnifikasi, dan koordinat wilayah jika PNG akan digunakan untuk pengukuran atau publikasi.

PNG full-slide dapat melebihi batas dimensi gambar atau memori yang umum. QuPath atau Fiji dapat mengekspor overview yang telah didownsample atau beberapa tile secara lebih andal daripada satu gambar dengan resolusi native. Simpan file NDPI asli untuk keperluan diagnostik, kuantitatif, atau pengarsipan, karena PNG biasanya menghilangkan image pyramid NDPI, metadata scanner, focus layer, dan struktur khusus patologi.

File NDPI dapat berisi informasi pasien atau spesimen dalam metadata atau nama file. Hapus informasi yang dapat mengidentifikasi sebelum membagikan gambar yang diekspor, dan periksa PNG pada zoom 100% setelah konversi untuk memastikan cropping, orientasi, warna, dan resolusi yang dipilih.