Konverter online gratis VSI ke TIFF

Apa itu format VSI

VSI adalah format virtual slide proprietary yang digunakan oleh Olympus, yang sekarang bernama Evident, pada scanner mikroskop seperti VS-120. OlyVIA dan software pencitraan Olympus terkait membuat dan membuka file VSI untuk whole-slide microscopy.

Dataset VSI biasanya berisi satu file utama .vsi serta folder atau file terkait yang berisi image tiles, multiple resolutions, channels, focus planes, dan metadata mikroskop. Gambar biasanya disimpan sebagai pyramid bertile dengan multiple resolutions, bukan sebagai satu bitmap biasa. Anda dapat menemukan file VSI di laboratorium patologi, arsip penelitian, dan dataset yang diekspor dari scanner slide Olympus.

Apa itu format TIFF

TIFF adalah format raster-image yang didukung secara luas dan digunakan oleh ImageJ, Photoshop, software scientific imaging, aplikasi desktop publishing, dan arsip digital. Format ini mendukung lossless compression, high bit depths, multiple channels, dan gambar berukuran besar; BigTIFF diperlukan ketika output melebihi batas ukuran TIFF klasik, yaitu sekitar 4 GB.

TIFF sesuai digunakan ketika Anda memerlukan bidang mikroskop yang dipilih untuk analisis, gambar flattened untuk pengeditan, atau salinan arsip yang kompatibel secara luas. TIFF biasa tidak secara otomatis mempertahankan setiap fitur dari virtual slide VSI, seperti pyramid lengkap, anotasi scanner, metadata proprietary, atau seluruh focus dan channel series.

Cara mengonversi VSI ke TIFF

Menggunakan Fiji dan Bio-Formats

1. Instal Fiji, yang menyertakan Bio-Formats importer. Simpan file asli .vsi dan folder apa pun yang disertakan dalam layout relatif yang sama.
2. Buka file dengan File → Open, atau gunakan Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Importer, lalu pilih file .vsi.
3. Dalam dialog impor, pilih image series yang diperlukan. Sebuah slide dapat menampilkan beberapa series untuk resolusi, channel, atau focus plane yang berbeda.
4. Pilih apakah akan membuka gambar beresolusi penuh atau series beresolusi lebih rendah. Untuk slide yang sangat besar, gunakan region of interest atau series beresolusi lebih rendah, bukan memuat seluruh slide ke dalam memory.
5. Simpan gambar yang dipilih dengan File → Save As → TIFF. Jika gambar berukuran lebih dari 4 GB, aktifkan BigTIFF jika versi Fiji/ImageJ yang tersedia menyediakan opsi tersebut, atau ekspor region yang lebih kecil.

Menggunakan command line Bio-Formats

Bio-Formats menyertakan bfconvert, yang dapat membaca banyak dataset VSI dan menulis output TIFF:

bfconvert input.vsi output.tif

Jika VSI berisi multiple series, periksa dataset terlebih dahulu dengan Bio-Formats atau Fiji, lalu konversikan series yang diperlukan secara terpisah. Gunakan opsi output BigTIFF yang didukung oleh versi Bio-Formats yang terinstal ketika perkiraan output melebihi 4 GB. Pertahankan dataset VSI asli karena konversi dapat meratakan dimensi atau menghapus metadata khusus vendor.

Menggunakan online converter

Anda dapat mengonversi file di 101convert.com secara gratis tanpa menginstal software. Upload file VSI, pilih TIFF sebagai format output, mulai konversi, lalu download hasilnya. Jika VSI merujuk pada companion data, tetap sediakan file tersebut dan gunakan Bio-Formats desktop jika browser converter tidak dapat merekonstruksi slide lengkap.

Kualitas, kompatibilitas, dan keterbatasan

• Pilih kompresi TIFF lossless, seperti LZW atau Deflate, jika mempertahankan nilai pixel merupakan hal penting. Kompresi JPEG dapat menimbulkan artifacts dan tidak sesuai untuk quantitative microscopy.
• Periksa pixel type yang diekspor. VSI grayscale 16-bit atau multichannel tidak boleh diubah secara tidak sengaja menjadi 8-bit karena hal tersebut mengurangi precision intensitas.
• Konfirmasikan physical scale setelah ekspor. Metadata ukuran pixel mungkin tidak bertahan dalam TIFF yang flattened, jadi simpan informasi magnification dan micrometres-per-pixel asli secara terpisah jika pengukuran diperlukan.
• VSI multi-channel atau z-stack dapat diekspor sebagai separate TIFF series, pages, atau files, bergantung pada pengaturan Bio-Formats yang dipilih. Pastikan semua channel dan plane yang diperlukan tersedia.
• TIFF whole-slide berukuran besar dapat melampaui batas aplikasi atau filesystem. Mengekspor region tertentu, memilih series beresolusi lebih rendah, atau menggunakan BigTIFF dapat menghindari kegagalan yang disebabkan oleh memory atau batas ukuran TIFF klasik.