Konversi SEQ menjadi TXT

Program penerima mungkin memerlukan data .txt yang dapat dibaca, bukan file .seq khusus perangkat atau editor sekuens. Konversi yang benar bergantung pada aplikasi yang membuat file tersebut, karena .seq adalah ekstensi ambigu, bukan satu format standar.

Apa itu format SEQ

.seq digunakan oleh perangkat lunak yang tidak saling berkaitan. Komputer Commodore 8-bit menggunakan SEQ untuk file disk berurutan, yang biasanya berisi teks PETSCII. Program bioinformatika menggunakannya untuk sekuens nukleotida atau protein, terkadang sebagai teks biasa dan terkadang dalam format khusus program. Aplikasi laboratorium, industri, instrumen, dan aplikasi khusus lainnya juga menggunakan ekstensi ini untuk data proprietary.

Identifikasi aplikasi sumber sebelum mengubah file. Buka salinan file di Notepad++, Visual Studio Code, atau editor non-destruktif lainnya. Baris pertama yang dapat dibaca seperti >sample-01 menunjukkan data bergaya FASTA; karakter yang tidak dapat dibaca, header proprietary, atau peringatan file biner berarti perangkat lunak asal harus melakukan ekspor.

Apa itu format TXT

.txt menunjukkan data karakter tanpa format, tetapi tidak menentukan struktur internalnya. File TXT dapat berisi sekuens mentah, record FASTA, pengukuran yang dipisahkan tab, log, atau prosa biasa.

Teks biasa mudah diedit, diproses dari command line, diarsipkan, dan diimpor ke sistem yang tidak mendukung aplikasi sumber. Ukurannya mungkin lebih kecil dan lebih portabel daripada file proprietary, tetapi tidak dapat mempertahankan grafik, kromatogram, pemformatan alignment, skor kualitas, anotasi, timestamp, atau pengaturan instrumen kecuali nilai-nilai tersebut secara eksplisit diekspor sebagai teks.

Mengonversi file SEQ berbasis teks

1. Buat cadangan file asli.
2. Buka salinan file di editor teks biasa dan pastikan record, identifier, delimiter, serta pemisah baris dapat dibaca.
3. Gunakan File → Save As, beri nama hasilnya sample.txt, dan pilih UTF-8 jika program penerima mendukungnya. Gunakan encoding yang ditentukan oleh program tersebut.

Jika file tersebut sudah berupa teks biasa, menyalinnya hanya mengubah nama file, bukan datanya. Di Windows PowerShell, gunakan:

Copy-Item .\sample.seq .\sample.txt

Di macOS atau Linux, gunakan:

cp sample.seq sample.txt

Mengganti nama atau menyalin bukanlah konversi untuk file SEQ biner atau proprietary.

Mengonversi data sekuens biologis

Gunakan UGENE atau editor sekuens lainnya jika Anda perlu memeriksa record yang terdeteksi dan mengekspornya secara grafis. Buka file, verifikasi alfabet sekuens dan jumlah record, lalu gunakan perintah ekspornya untuk menulis FASTA atau format teks lain yang didukung. FASTA biasanya merupakan pilihan paling aman untuk beberapa record karena mempertahankan identifier dan deskripsi.

Untuk konversi command line yang dapat diulang, EMBOSS seqret dapat menulis format sekuens biologis yang dikenali:

seqret -sequence sample.seq -outseq sample.txt -osformat2 fasta

Untuk output yang hanya berisi karakter sekuens, jika penerima secara eksplisit memerlukan data sekuens mentah atau biasa, gunakan:

seqret -sequence sample.seq -outseq sample.txt -osformat2 plain

Perintah ini hanya berfungsi jika seqret mengenali format input yang sebenarnya. Buka hasilnya dan bandingkan jumlah record serta panjang sekuensnya dengan sumber; output mentah dapat menghilangkan header dan deskripsi.

Untuk file non-sensitif yang format biologisnya didukung, web tools EMBOSS dari EMBL-EBI dapat menjadi alternatif online. Pastikan layanan tersebut mencantumkan format input yang terdeteksi dan format output yang diperlukan sebelum mengunggah; ekstensi saja tidak cukup untuk mengidentifikasi file.

Mengonversi file Commodore SEQ

Ekstrak file dari disk image-nya menggunakan tool yang mendukung Commodore seperti VICE c1541 atau DirMaster. Kemudian konversi PETSCII ke encoding karakter yang diharapkan sistem penerima menggunakan utilitas yang mendukung PETSCII seperti VICE petcat. Editor teks biasa atau perubahan nama file sederhana tidak dapat mengonversi PETSCII, karakter kontrol Commodore, screen code, atau data disk image secara andal.

Periksa file yang telah dikonversi untuk menemukan karakter dengan huruf besar-kecil terbalik, simbol grafis, kode kontrol yang tidak diinginkan, dan pemisah baris yang hilang. Teks Commodore mungkin tidak dapat dipetakan dengan sempurna ke Unicode atau ASCII modern, sehingga pembersihan manual mungkin diperlukan.

Mengonversi file SEQ proprietary

Gunakan program atau perangkat yang membuat file tersebut dan pilih File → Export, File → Save As, atau perintah yang setara. Jika tersedia CSV, TSV, XML, FASTA, atau format pertukaran terdokumentasi lainnya, gunakan format tersebut jika dapat mempertahankan field yang diperlukan dengan lebih baik daripada TXT.

Konverter online generik tidak dapat diandalkan untuk file .seq yang tidak teridentifikasi dan mungkin salah membaca data biner sebagai teks yang rusak. Jangan mengunggah file klinis, laboratorium, instrumen, rahasia, atau proprietary. Konverter yang di-host oleh vendor hanya sesuai jika dokumentasinya menyebutkan varian SEQ yang tepat yang dihasilkan oleh perangkat lunak sumber.

Memeriksa file yang telah dikonversi

Pastikan encoding, akhiran baris, delimiter, alfabet sekuens, dan struktur record sudah sesuai. Periksa output untuk menemukan karakter pengganti, record yang terpotong, spasi yang tidak terduga, pembungkusan baris yang berubah, angka nol di depan yang hilang, dan header yang hilang.

Simpan file .seq asli. Ekspor TXT dapat menghilangkan metadata, nilai kualitas, anotasi, koordinat alignment, timestamp, dan pengaturan instrumen, dan perubahan ekstensi saja tidak pernah mendekode format proprietary atau biner.