Konverter online gratis SVS ke OME.TIFF

File SVS dari whole-slide scanner Aperio mungkin tidak dapat dibuka di software yang mengharapkan OME data model. Mengonversinya ke OME-TIFF membuat slide lebih mudah diproses di Fiji, QuPath, OMERO, dan sistem mikroskopi lainnya, sekaligus mempertahankan data image tiled multiresolution jika didukung.

Apa itu format SVS

SVS adalah varian Aperio dari tiled, pyramidal TIFF yang digunakan untuk slide patologi digital. Scanner Aperio dan Leica Biosystems membuat file SVS yang berisi tissue image beresolusi tinggi serta level pyramid beresolusi lebih rendah; sebuah file juga dapat berisi label, macro, thumbnail, atau image terkait lainnya sebagai seri TIFF terpisah.

Anda biasanya menemukan file SVS dari sistem Aperio ScanScope, scanner Leica eSlide, Aperio ImageScope, dan sistem arsip patologi. Meskipun SVS berbasis TIFF, metadata khusus vendor dan organisasi image-nya tidak ditangani secara konsisten oleh aplikasi TIFF general-purpose.

Apa itu format OME-TIFF

OME-TIFF menyimpan data image TIFF bersama metadata OME-XML yang menjelaskan dimensi, channel, ukuran pixel fisik, plane, dan informasi image terkait. Format ini dirancang untuk interoperabilitas dengan aplikasi yang kompatibel dengan Bio-Formats seperti Fiji, QuPath, OMERO, dan berbagai pipeline analisis mikroskopi.

Untuk whole-slide imaging, OME-TIFF dapat berisi level pyramid tiled, sehingga software dapat menampilkan slide berukuran besar tanpa memuat plane beresolusi penuh ke dalam memory. OME-TIFF berguna ketika aplikasi patologi atau mikroskopi mengenali metadata OME, tetapi tidak dapat menginterpretasikan metadata SVS khusus Aperio secara andal.

Cara mengonversi SVS ke OME-TIFF

Menggunakan tools command-line Bio-Formats

bfconvert dari Bio-Formats adalah opsi general-purpose yang paling langsung karena membaca SVS melalui Bio-Formats reader dan menulis OME-TIFF. Instal package Bio-Formats tools, lalu jalankan:

bfconvert -overwrite -compression LZW input.svs output.ome.tiff

Ganti input.svs dengan nama file sumber dan output.ome.tiff dengan nama file tujuan. LZW bersifat lossless dan mencegah penambahan artefak JPEG. Untuk output tiled multiresolution, gunakan opsi pyramid yang didukung oleh versi Bio-Formats yang Anda instal:

bfconvert -overwrite -compression LZW -tilex 256 -tiley 256 -pyramid-resolutions 5 -pyramid-scale 2 input.svs output.ome.tiff

-tilex dan -tiley menetapkan dimensi tile. -pyramid-resolutions 5 meminta lima level resolusi, dan -pyramid-scale 2 membuat setiap level memiliki setengah lebar dan tinggi level sebelumnya. Jalankan bfconvert -help untuk mengonfirmasi nama opsi karena setiap rilis Bio-Formats dapat berbeda.

Menggunakan Fiji

Di Fiji, instal atau perbarui Bio-Formats, buka file melalui File → Open, pilih file SVS, lalu izinkan Bio-Formats Importer membuka seri tersebut. Untuk slide yang sangat besar, pilih seri full-resolution yang diinginkan, bukan seri label atau macro. Ekspor melalui command ekspor Bio-Formats atau TIFF yang tersedia di instalasi Fiji Anda, pilih OME-TIFF jika tersedia, dan aktifkan output tiled atau pyramidal jika exporter menyediakan opsi tersebut.

Fiji mungkin memerlukan memory yang besar saat membuka atau mengekspor whole slide. Konversi menggunakan command-line Bio-Formats biasanya lebih disarankan untuk file SVS yang sangat besar karena tidak perlu memuat image lengkap ke dalam tampilan Fiji.

Mengonversi tanpa software yang terinstal

Anda dapat mengonversi file secara gratis di 101convert.com tanpa menginstal software. Upload file SVS, pilih OME.TIFF sebagai format output, mulai konversi, lalu download hasilnya. Jangan gunakan metode ini untuk slide yang berisi informasi identitas pasien, kecuali layanan tersebut dan ketentuan penanganan datanya memenuhi persyaratan organisasi Anda.

Kualitas, kompatibilitas, dan keterbatasan

• Konversi tidak dapat memulihkan detail yang hilang dalam kompresi SVS asli. Jika sumber menggunakan tile yang dikompresi dengan JPEG, mengekspor dengan LZW mencegah kompresi lossy tambahan, tetapi tidak membuat sumber menjadi lossless.
• Metadata SVS tidak dapat dipetakan secara sempurna ke OME-XML. Field khusus scanner, anotasi, informasi fokus, macro image, dan tag proprietary mungkin dihilangkan atau direpresentasikan secara berbeda.
• Periksa apakah output berisi tissue image, level pyramid, serta seri label atau macro yang diperlukan. Beberapa aplikasi secara otomatis memilih seri pertama dan mungkin menampilkan image terkait, bukan slide utama.
• File OME-TIFF dapat berukuran sangat besar. Pastikan filesystem tujuan mendukung file berukuran besar dan memiliki ruang kosong untuk image beresolusi penuh serta level pyramid; BigTIFF mungkin diperlukan untuk output yang melebihi batas ukuran TIFF klasik.
• Verifikasi hasilnya di aplikasi yang akan menggunakannya. Periksa dimensi pixel, resolusi fisik, jumlah channel, orientasi slide, navigasi pyramid, dan anotasi yang diperlukan sebelum menghapus SVS asli.