Konversi SDF menjadi XLS

Laboratorium sering memerlukan record senyawa dalam .xls karena LIMS lama, template pelaporan, atau pelanggan hanya menerima workbook Excel 97–2003. Hasil yang berguna biasanya berupa spreadsheet berisi properti dan identifier SDF, bukan pengganti file sumber yang dapat diedit secara kimia.

Isi file SDF

.sdf bersifat ambigu. Umumnya, istilah ini berarti Structure Data File, yaitu format kimia berbasis MDL Molfile yang digunakan oleh chemist, vendor senyawa, database screening, ChemDraw, software BIOVIA, tools ChemAxon, DataWarrior, Open Babel, dan workflow RDKit.

SDF kimia adalah plain text yang berisi satu atau beberapa record molekul. Setiap record dapat berisi molecular connection table, koordinat, judul, dan SD tag bernama seperti CAS_NUMBER, IC50, atau Supplier; record biasanya diakhiri dengan $$$$. Blok molekul dapat menggunakan sintaks V2000 atau V3000.

File .sdf juga dapat berupa database biner Microsoft SQL Server Compact. SQL Server Compact bukan SQL Server, dan file database tersebut harus di-query serta diekspor menggunakan software yang kompatibel dengan SQL Server Compact, bukan dibuka oleh tools format kimia.

Fungsi format XLS

.xls adalah format workbook biner Excel 97–2003. Berbeda dari CSV, format ini dapat mempertahankan worksheet, formula dasar, pemformatan sel, dan beberapa tabel, sehingga berguna ketika penerima memerlukan workbook Excel versi lama.

Gunakan XLS hanya jika diwajibkan. Format ini terbatas hingga 65.536 baris dan 256 kolom per worksheet. .xlsx mendukung worksheet yang jauh lebih besar dan merupakan default yang lebih baik untuk sistem yang kompatibel dengan Excel saat ini.

Mengonversi file SDF kimia

1. Buka SDF di aplikasi desktop yang memahami format kimia seperti DataWarrior. Gunakan File → Open, lalu pastikan aplikasi mengenali record molekul dan menampilkan SD tag sebagai kolom data.
2. Periksa nama field, nilai yang hilang, unit, dan nilai tag multiline. Pertahankan identifier struktur dan, jika penerima memerlukan struktur yang dapat dibaca mesin, tambahkan kolom SMILES atau InChI sebelum ekspor.
3. Ekspor tabel sebagai teks dengan pemisah tab atau CSV menggunakan File → Save As DataWarrior atau command ekspor. Jangan mengandalkan generic document converter untuk menafsirkan record molekul dan SD tag.
4. Buka file teks di Microsoft Excel atau LibreOffice Calc. Dalam dialog impor, pilih delimiter yang benar dan atur secara eksplisit nomor CAS, nomor katalog, kode dengan leading zero, dan identifier numerik panjang sebagai Text.
5. Gunakan File → Save As dan pilih Excel 97–2003 (.xls). Periksa peringatan kompatibilitas, dimensi worksheet, dan sampel nilai yang diimpor sebelum mendistribusikan workbook.

Untuk pemrosesan yang dapat diulang, gunakan RDKit atau chemistry toolkit lain untuk mengekstrak SD tag yang dipilih dan membuat CSV dengan kolom SMILES, lalu konversi CSV tersebut di Excel atau LibreOffice. Open Babel juga dapat memeriksa dan mentransformasi file SDF, tetapi validasikan kolom yang dihasilkannya terhadap sumber karena properti dan output descriptor yang tersedia bergantung pada format dan opsi yang dipilih.

Untuk file CSV nonrahasia yang sudah berbentuk tabel, CloudConvert dapat digunakan untuk membuat workbook XLS setelah ekstraksi SDF secara lokal. CloudConvert tidak boleh dianggap sebagai parser SDF yang memahami kimia, dan struktur proprietary, data assay, serta data supplier tidak boleh diunggah kecuali organisasi mengizinkan transfer tersebut.

Mengekspor database SQL Server Compact SDF

Buka database SDF dengan SQL Server Compact Toolbox atau tools lain yang menggunakan provider SQL Server Compact yang kompatibel. Masukkan password database jika file dienkripsi, jalankan query untuk tabel dan kolom yang diperlukan, lalu ekspor hasilnya sebagai CSV. Impor CSV tersebut ke Excel atau LibreOffice Calc dan simpan sebagai .xls.

SQL Server Compact adalah produk Microsoft yang sudah dihentikan, sehingga aplikasi database saat ini mungkin tidak dapat membuka file tersebut tanpa legacy provider yang sesuai. Database SDF tidak dapat dikonversi dengan benar oleh DataWarrior, RDKit, atau Open Babel.

Pemeriksaan kompatibilitas

XLS tidak menyimpan connection table SDF yang dapat diedit secara native. Simpan SDF asli untuk pertukaran dan pengarsipan kimia; tempatkan SMILES, InChI, atau teks molfile dalam sel spreadsheet hanya jika software downstream memerlukan struktur yang dapat dibaca mesin. Gambar struktur yang dirender sesuai untuk peninjauan, tetapi bukan data kimia.

Excel dapat mengubah nilai yang menyerupai tanggal atau notasi ilmiah secara otomatis. Pengaturan impor teks mencegah kehilangan seperti 001234 menjadi 1234 dan identifier numerik panjang dibulatkan. Periksa juga SD tag multiline dan teks yang melebihi batas 32.767 karakter per sel Excel, yang mungkin memerlukan pemotongan, pemisahan, atau penyimpanan dalam SDF asli.